Я могу подумать о трех ответах, ни один из которых, вероятно, не вполне удовлетворителен для вас, поскольку модель выполнения R отличается от модели PHP. Это по порядку: a) местоположение исполняемого файла R, b) местоположение каталога по умолчанию для файлов источников и c) места, где R будет искать установленные пакеты, если однозначное местоположение не указано:
R.home()
#[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources"
getwd()
#[1] "/Users/davidwinsemius"
.libPaths()
#[1] "/Users/davidwinsemius/Library/R/2.14/library"
#[2] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library"
Я подумал о четвертом варианте, который может быть тем, что вы на самом деле хотите. Если вы запустили пакетный сеанс R с вызовом CMD, вы можете восстановить аргументы этой команды в первой строке и (возможно, в зависимости от того, как вы сделали вызов и вашу ОС) идентифицировать входной файл с помощью:
cmdargs <- commandArgs(TRUE)
cmdargs["infile"]