Если автокоммит включен, да, он будет выполняться атомарно. Каждый оператор будет отдельной транзакцией, если не отключен автокоммит.
Следует отметить, что автокоммит включен по умолчанию, поэтому, как правило, START TRANSACTION обычно требуется для инициирования транзакции.