Что ж, если все сайты всегда будут на одном сервере, это хорошая причина иметь только одну копию ZF. Но имейте в виду, если один проект использует что-то, что будет сломано / удалено / что-либо в будущем обновлении, вам может быть трудно управлять.
Этот вопрос очень зависит от ситуации. Оба решения могут быть правильными.
Лично у меня всегда есть копия zf в папке проектов, так как она не похожа на кучу потерянного пространства и мои проекты, как правило, находятся на отдельных серверах.
Надеюсь, это поможет!
По поводу вопроса 2: вам не нужно ничего избегать. Просто делайте все, что подходит для вашего контекста. Если вы хотите получить более точный ответ, я думаю, вы должны дать нам больше информации об отношениях между всеми этими проектами / веб-сайтами.
О "Имеет ли значение расположение библиотеки zend?": Хорошо, если она находится вне общедоступного каталога, чтобы люди не вызывали файлы сценариев, и это не имеет большого значения.