Используйте параметры командной строки, как описано в файле справки, и запустите autoit3.exe в качестве основного процесса.
По сути, вы бы использовали что-то вроде:
objProcess.StartInfo.FileName = "path\\autoit3.exe"
objProcess.StartInfo.Arguments = "\"path\\test.au3\" abc" // You can add any arguments for the script afterwards.
Обратите внимание, что я никогда не использовал vb.net, поэтому не ожидайте, что все, что я напишу, будет работать впервые: P Но это основная идея.