Это не поддерживается напрямую WiX.Я не уверен, есть ли инструмент для настройки, который предлагает прямую поддержку для этого.Большинство из них позволяют создавать только учетные записи пользователей Windows.
Чтобы создать пользователя MySql, вы можете написать настраиваемое действие с использованием настраиваемого кода.Вы можете использовать EXE или DLL.