Вы сформулировали свой вопрос так, как если бы вы хотели защитить htpasswd, но, поскольку вы хотите добавлять / удалять пользователей через интерфейс, вам придется либо запускать системные команды через PHP, либо создавать решение PHP / MySQL.
Возможно, вам будет проще и безопаснее реализовать решение только на PHP / MySQL.Запускать sysetem () и exec () на вашем компьютере через PHP не очень безопасно, если вы не знаете, что делаете.
Посмотрите на учебник этого класса / php.Он должен указывать вам правильное направление:
http://www.emirplicanic.com/php/simple-php-login-class.php