Байт является типом значения, он не может быть нулевым;
Создание массива немедленно инициализирует элементы к значению по умолчанию для типа элемента.
Это означает, что пустые клетки не могут существовать, не говоря уже о том, чтобы быть обнаруженными.
Если вам необходимо:
использовать обнуляемые типы
var Buffer = new byte?[1000];
использовать Array.Resize при изменении емкости. Однако вскоре вы можете оказаться в ситуации, когда использование System.Collections.Generic.List будет гораздо более эффективным