Это интересный вопрос, может быть, вы можете попытаться сохранить настройки в центральной базе данных, и ваши приложения будут загружать настройки оттуда напрямую или через службу.Я думаю, что я бы выбрал компактную базу данных SQL.
И вам нужно также сохранить настройки в app.config, и если вы запустите свое приложение, то найдите службу и, если возможно, обновите настройки в локальной конфигурации, если необходимо.