Нет никакого способа, которым я знаю, что заставляет повтор пропустить несколько пикселей. Если бы я был тобой, я бы разделил их так, чтобы фоновое изображение тела было таким, каким оно сейчас является без верха. И тогда я бы добавил div в начало с этими настройками:
<div id="upperpart"></div>
в css:
#upperpart{
background-image: url(whatever it is);
width:100%;
height:how high it is
background-repeat: repeat-x;
margin-bottom: minus its height; <-- this will make everything below this div get ontop the div
}