Во-первых, причина, по которой ваш код jQuery не запускается, в том, что ~
не имеет смысла для браузера. Это должно быть либо переключено на абсолютную ссылку:
<script src="/Scripts/jquery-1.4.1.js" type="text/javascript"></script>
.. или его необходимо преобразовать в абсолютную ссылку, используя код, выполняемый на стороне сервера:
// Using the ascx view engine
<script src="<%: Url.Content("/Scripts/jquery-1.4.1.js") %>" type="text/javascript"></script>
// Using the razor view engine
<script src="@Url.Content("/Scripts/jquery-1.4.1.js")" type="text/javascript"></script>
Кроме того, вы можете свободно размещать свой код jQuery там, где это имеет смысл. Самая лучшая стратегия, которую я лично нашел, - поместить как можно больше javascript в статический файл javascript, на который есть ссылки в голове. Помимо разделения вашего javascript и разметки (что выглядит намного лучше), это дает дополнительное преимущество, заключающееся в размещении большого количества статического кода в статический файл, который может кэшироваться браузером, тем самым уменьшая количество байтов, пересекающих провод с каждым запросом.
PS: файл -vsdoc.js предназначен исключительно для intellisense и не должен включаться в фактическую разметку. VS.NET автоматически обнаружит его наличие и будет использовать его, когда узнает, что вы используете соответствующий файл jquery.