Я бы пошел с Tomcat или Jetty, если вам нужен только JMS, и если вам не нужен поставщик транзакций, управляемый сервером приложений, для транзакций, которые охватывают больше, чем просто JDBC (например, транзакция, охватывающая JMS + JDBC) .
Хотя вы можете использовать JTA и JMS вне сервера приложений, такого как JBoss, у меня был очень смешанный опыт, когда JTA охватывал JMS и JDBC под Tomcat. Возможно, это был ранний выпуск ActiveMQ, но он действительно съел несколько месяцев в очень важном проекте. Что-то нужно сказать об инфраструктуре, которую обеспечивает сервер Java EE, такой как JBoss, особенно. когда вам нужен JTA с XADataSources. Попытка воссоздать это с автономными компонентами сбивает с толку.
Кстати, я бы предпочел Jetty, а не Tomcat, если у вас есть выбор.
Что касается интеграции Tomcat и Eclipse, здесь есть много вариантов. Я использую (несколько нестандартный) плагин вызова Sysdeo Tomcat Plugin для Eclipse. Стандартный подход - использовать что-то вроде WTP. Я использую плагин Sysdeo Tomcat, потому что он, кажется, имеет самые низкие издержки. Другой вариант - просто использовать плагин Jetty Eclipse - опять же, я обнаружил, что Jetty предпочтительнее, чем Tomcat, практически всеми возможными способами.