Logger.getLogger(MyClass.class)
используется для получения полного имени вашего класса (скажем, «com.you.package.MyClass»), и эта строка используется для настройки этого объекта Logger.
Log4j использует иерархию, чтобы определить, что делать с данным регистратором, и более конкретные инструкции (скажем, для «com.you.package») отменяют инструкции сверху (скажем, для «com.you»). Подробности смотрите в файле конфигурации.