I want to save an image of this graph on the server without uploading it from the user PC
Я думаю, тебе не повезло.Невозможно взять что-то, сгенерированное на клиенте, и поместить его на сервер без какой-либо загрузки.Это то же самое, независимо от того, используете ли вы Flex или AIR (или Silverlight, HTML или JavaScript или любую другую технологию клиент-сервер по вашему выбору).
Даже с программой командной строки придется что-то передавать всервер - или работает на сервере - для сохранения файлов там.
Вам нужно будет либо загрузить изображение на сервер, либо отправить данные на сервер и сгенерировать граф на основепо данным.