Вам нужно хранить файлы где-то полупостоянно. Сессия может быть сброшена вместе с доменом приложения, поэтому вы не можете полагаться на нее на 100%.
Просто укажите отдельное расположение файла / базы данных или флаг, который позволит вам узнать, что весь набор файлов не завершен.