Я закончил тем, что создал проект в обычном режиме, а затем переименовал файлы проекта, добавив в конце «-template». Я включил их вместе с файлом readme.txt, в котором подробно описаны изменения, которые необходимо внести в файлы шаблонов, чтобы их можно было использовать в качестве файлов проекта.
Итак, в первый раз, когда пользователь получит последнюю информацию об этом проекте, ему придется создать проект FlexBuilder из шаблона, но, надеюсь, после этого ему не нужно будет его трогать.
Одна вещь, с которой я должен был быть осторожен, это ссылки на проекты. Первоначально мой проект ссылался на другой проект FlexBuilder. Я обнаружил, что легче почитать сам SWC, а не проект.
Не совсем оптимальное решение, но это было лучшее, что я мог придумать, учитывая, что FlexBuilder не может обрабатывать относительные пути.