У меня была та же проблема, и из того, что я мог сказать, читал исходный код ... вы не можете.
Я кэширую все элементы на заднем плане как отдельные маркеры, фильтрую их при необходимости
displayItems: function(infilter){
this.markerCluster.clearMarkers();
var matches = infilter.matches(this.markers);
this.markerCluster.addMarkers(matches);
}
this.markers - это мой кеш маркеров, а this.markerCluster - мой объект markerCluster - оба глобальные.
Вы не можете напрямую редактировать кластер, но вы можете добавлять и удалять маркеры для markerCluster.объект, используя addMarker / removeMarker, который, в свою очередь, удалит их из кластера и перерисовает его.