Я думаю, что преимущества больше связаны с гибкостью, чем с производительностью.Вы можете реализовать службу отдыха, используя способ MVC, но Web API предоставляет более чистую модель: действия неявны в глаголах HTTP, контент может быть доставлен как в JSON, так и в XML, есть встроенная поддержка для возврата IQueryable (это можно рассматривать как небольшое улучшение производительности), и его можно интегрировать с приложением ASP.NET Web Forms (или даже с консольным приложением, вообще без ASP.NET).