Это не ошибка базы данных. Класс базы данных не может быть найден, и я почти уверен, что это по следующим причинам:
Возможно, вы неправильно установили и настроили модуль базы данных. Убедитесь, что модуль базы данных находится в пути к модулю, указанному вами в файле индекса:
$modules = '../your/path/to/modules';
Кроме того, включите модуль в вашем загрузчике (application / bootstrap.php):
Kohana::modules(array(
// Rest of modules
'database' => MODPATH.'database',
));
Более подробную информацию о модулях можно найти здесь: http://kohanaframework.org/3.2/guide/kohana/modules