В WiX v3.5 и v3.6 последовательность файлов должна быть обработана для вас только при помощи pyro и элемента Patch. WiX v3.0 был немного более обидчивым, и элемент PatchCreation никогда не делал ничего для вас автоматически. PatchGroup не требуется с использованием новейших инструментов.