У меня была потребность в специфичных для сборки файлах конфигурации (в отличие от выполнения файлов конфигурации сборки) в прошлом.
Для сборки в GAC возможно (но не рекомендуется) физически скопировать файл конфигурации в папку dll сборки.
Решение, которое я использовал для создания файла конфигурации, который можно использовать в разных сборках независимо от AppDomain, - это простая запись реестра для моего приложения, которая определяет местоположение общего файла конфигурации. Таким образом, любая сборка может получить параметры конфигурации из общего расположения независимо от того, какая исполняющая сборка их запустила. (особенно полезно для создания сценариев - в противном случае вам придется развернуть файл конфигурации с именем wscript.exe.config в папке windows \ system32 - UGH!)