Я сдался после обнаружения этих изменений API.
in docroot/WEB-INF/src/META-INF/shard-data-source-spring.xml
6.0.6:
com.liferay.portal.dao.shard.ShardAdvice
6.1:
com.liferay.portal.dao.shard.advice.ShardAdvice
docroot/WEB-INF/src/META-INF/base-spring.xml
6.0.6
com.liferay.portal.spring.annotation.BeanReferenceAnnotationBeanPostProcessor
6.1
com.liferay.portal.spring.bean.BeanReferenceAnnotationBeanPostProcessor
Кажется, что не очень легко разрабатывать на 6.0.6 и развертывать на 6.1.(наоборот я не пробовал)