Вы можете удалить эти управляющие символы с помощью:
tr -d "[:cntrl:]" file.txt
однако он также удалит новые окончания строки, так что вот трюк, определите этот псевдоним:
alias clean='tr "\r\n" "\275\276" | tr -d "[:cntrl:]" | tr "\275\276" "\r\n"'
тогда попробуйте как:
cat file.txt | clean > new_file.txt