Когда вы запускаете компоновку на GPU (например, с помощью CSS-анимации), браузер отправляет этот элемент в GPU, но также и все, что будет отображаться поверх этого элемента, если его верхние / левые свойства были изменены. Это включает любую позицию: относительные элементы, которые появляются после анимации.
Решение состоит в том, чтобы задать положение элемента анимации: относительный и z-индекс, который ставит его выше всего остального. Таким образом вы получаете анимацию, но сохраняете субпиксельный рендеринг шрифта (улучшенный IMO) на несвязанных элементах.
Вот демонстрация проблемы и решения http://www.youtube.com/watch?v=9Woaz-cKPCE&hd=1
Обновление: В более новых версиях Chrome субпиксельное сглаживание сохраняется в элементах, составленных из графического процессора, до тех пор, пока элемент не имеет прозрачности, например, имеет фон без прозрачных или полупрозрачных пикселей. Обратите внимание, что такие вещи, как border-radius, вводят полупрозрачные пиксели.