Вы применяете CSS к таблице, а не к конкретной строке, и у вас действительно не должно быть такого дублирующего кода.
Измените свой код на это:
var newColor;
if (orderList == "Buy") {
newColor = "green";
} else {
newColor = "red";
}
$('<tr><td>'+orderList.ORDER_NUMBER+'</td><td>'+orderList.SHORT_NAME+'</td></tr>').css("color", newColor).appendTo($("#orderListBody",this.orderListTable));
Это не только удаляет повторный код, но и применяет CSS только к новой строке, а не к селектору таблицы.