Netbeans не имеет кнопки «Сделай меня счастливым». К сожалению.
Вы должны извлекать источники из SVN и указывать Netbeans на новую файловую иерархию ...
Обратите внимание, что Netbeans поддерживают CVS, SVN и Mercurial VCS "из коробки".
Если структура проекта не изменилась, вы можете удалить каталоги CVS и источники извлечения из SVN с помощью - принудительно (чтобы избежать перенастройки проектов в Netbeans):
$ find . -type d -name CVS -exec rm -r '{}' ';'
$ svn co --force http://$U:$P@$H