Существует способ изменить внутренний путь, используемый внутри zip:
/p:_PackageTempDir="C:\websites\myNewSite"
Коммутатор можно использовать в командной строке с msbuild для изменения пути, который он создает внутри zip.Это также можно изменить в VS, но я не могу вспомнить, как у меня на макушке.