Я думаю этот вопрос относится к той же проблеме. По сути, вы создаете ветку gh-pages, перемещаете документацию в эту ветвь, а затем повторно добавляете документацию в основной проект как подмодуль.
Шаг субмодуля необходим только в том случае, если вам нужно, чтобы ваши файлы документации были доступны в вашей основной ветке.
Обновление:
Поскольку вы имеете дело с сгенерированной документацией, процесс, изложенный в ответе на этот вопрос , может оказаться более подходящим. Если процесс создания документации не настраивается для вывода в несколько мест, вам может потребоваться добавить событие после сборки, чтобы скопировать документы из одного каталога в другой.