Они должны иметь разные значения. Прямо сейчас вы дали им одинаковую ценность. Поэтому, как только вы дадите им разные значения:
<input name="zones" value="1" type="checkbox" />
<input name="zones" value="2" type="checkbox" />
<input name="zones" value="3" type="checkbox" />
в вашем действии контроллера вы получите список значений тех, которые были проверены:
public ActionResult Foo(string[] zones)
{
...
}