Содержимое хранилища никогда не может исчезнуть. Самое близкое, что вы можете сделать, это заставить его выглядеть пустым, проверив пустую рабочую директорию. Но все предыдущие ревизии все еще отслеживаются со всеми файлами.
Несколько лет назад я усвоил трудный способ не проверять гигантские файлы данных на одной машине и проверять их на другой как способ их «передачи». Это сделало мой репо чрезвычайно раздутым. Я использовал dump и load с некоторой фильтрацией, чтобы восстановить репо без этих гигантских файлов.
Лучше всего удалить реальное хранилище (а не только его содержимое) - все это, где бы оно ни находилось, и создать новое с нуля.