Я сам не использую jgit, но я видел сообщения о различных ошибках, которые существуют в jgit (который является бэкендом для nbgit и egit).Похоже, что jgit не следует core.autocrlf.Смотрите ошибка , которая была открыта в течение 2 лет.Также здесь .В баге есть неофициальные обходные пути.Лучший вариант - отключить autocrlf.Как только вы это сделаете, вам может понадобиться удалить и проверить файлы в рабочей копии, чтобы отразить это.
Здесь мы используем core.autocrlf=input с окончаниями строк Unix в Windows.Разработчики, использующие egit, не сообщили о наличии этой проблемы в этом сценарии использования.