Это два файла с уменьшенной версией в каждом.
Файл без .min.
обычно используется в производстве, так как он меньше по размеру, чем его не минимизированная версия.
Неунифицированная версия используется в разработке для устранения проблем, которые могут возникнуть.
Дополнительная информация по теме:
http://www.hanselman.com/blog/TheImportanceAndEaseOfMinifyingYourCSSAndJavaScriptAndOptimizingPNGsForYourBlogOrWebsite.aspx
Локальный разработка ссылки:
<link rel="stylesheet"jquery.mobile-1.0.1.css" />
<link rel="stylesheet"jquery.mobile.structure-1.0.1.css" />
Развернуто на производство ссылки:
<link rel="stylesheet"jquery.mobile-1.0.1.min.css" />
<link rel="stylesheet"jquery.mobile.structure-1.0.1.min.css" />