Я обнаружил, что это часто относится к типу MIME, установленному в размещенном файле S3.
Установка правильного типа MIME, кажется, исправляет ситуацию.
Кстати, я боролся с одним двоичным файлом, всегда ломающимся в IE. Его MIME-тип был application / octet-stream. Я изменил MIME на двоичный / октетный поток, и это, казалось, исправляло загрузку из IE. Не уверен почему.