POI XWPF даст вам ячейки в том порядке, в котором Word сохранил их в файле. Это так (обманчиво!) Так просто ...
Чтобы проверить, что слово делает, один вариант это просто использовать POI и посмотреть, что вы получите. Другой способ - разархивировать файл word - .docx - это просто специальный zip-файл xml. Посмотрите на документ XML и посмотрите, как Word решил, что это лучший способ сохранить ваш сложный набор ячеек таблицы. Затем попросите POI для них, и вы должны получить такой же заказ!