Некоторые драгоценные камни предназначены для определенных платформ, например, Шавка (есть МРТ и JRuby). Кроме того, JRuby не может использовать гемы с собственными расширениями (например, C-кодом), если они не используют FFI (а большинство - нет).
Лично у меня есть отдельные репозитории для MRI и JRuby. Немного лишних хлопот стоит спокойствия, когда пытаешься отследить проблему.
Довольно легко увидеть, что установлено в каждом репо:
jruby -S gem list --local
против.
gem list --local
Вы могли бы даже написать скрипт ruby для синхронизации одного списка драгоценных камней с другим, но вам нужно быть осторожным с драгоценными камнями, специфичными для платформы ....