К сожалению, методы на стороне клиента, такие как условные комментарии, не смешиваются с методами на стороне сервера. Я считаю, что единственный способ сделать это с помощью ScriptManager - это программно добавить сценарии на страницу, если ваше условие выполнено.
Если вас больше интересует выполнение скрипта, а затем его доставка, вы можете сделать что-то вроде этого:
<!--[if lte IE 8]>
var isLteIe8 = true;
<![endif]-->
И затем, в вашем скрипте, оберните его в if (typeof (isLteIe8)! == 'undefined') {...}