В целом API спецификации Java EE должны функционировать одинаково между упомянутыми версиями WAS (Java EE 1.4 для WAS v6.1, Java 6 EE для WAS v8), но самый быстрый способ узнать наверняка - это загрузить и установитьWebSphere Application Server Migration Toolkit (WAMT), свободно доступный плагин Eclipse, который будет определять изменения, необходимые для API Java EE, API WebSphere и Java SE.
WAMT можно приобрести на торговой площадке Eclipse, а также https://www.ibm.com/developerworks/websphere/downloads/migtoolkit/