Проблема в том, что вы подключаетесь к API. Найдите способ расширить API, а не изменять его, если можете. Поместите его в отдельный модуль или другой вывод компиляции (т.е. файл .JAR, .DLL, .SO). Попробуйте отделить себя от этого.
Если вы не можете этого сделать, вы в значительной степени застряли, сталкиваясь со слиянием в каждом выпуске.
Конечно, если API с открытым исходным кодом, вы можете отправить ваши изменения ...