Я обнаружил, что лучшим ответом на вопрос о производительности является его профилирование. Рекомендации хороши, но есть очень много переменных, которые могут повлиять на производительность, таких как размер вашего набора данных, типы запросов, которые вы делаете, типы данных и т. Д.
Получите Профилировщик Netbeans или что-то подобное и попробуйте его различными способами. Используйте статьи, на которые ссылается Митч, но убедитесь, что вы действительно проверяете, что помогает, а что (часто удивительно) вредит.
Существует также хороший шанс того, что любые различия в производительности, которые вы можете получить от Lucene, будут незначительными по сравнению с улучшениями производительности в вашем коде. Профилировщик также укажет на это.