Использование однострочного Perl (при условии, что имя файла с данными называется 'machines':
perl -n -i.bak -e '$i=999 if !$i;
if (m/machine name host1/) {
$i++;
$_ = "$_\nset username $i\n";
};
print;' machines
Обратите внимание, что сам файл будет изменен и будет создан файл резервной копии с расширением .bak