Похоже, ответ: если вы используете javascript, вы бы использовали document.cookie, а если вы используете CFML, вы бы использовали cfcookie.
Полагаю, это зависит от того, когда вы пытаетесь сделать это действительно - если вы делаете это в блоке javascript при загрузке страницы, тогда вы могли бы использовать cfcookie, так как это будет проанализировано по мере отрисовки страницы, но после загрузки страницы, конечно, вы не можете использовать cfcookie без загрузки другой страницы (если это имеет смысл).
С другой стороны, если вы занимаетесь какой-то закулисной обработкой в CFML, конечно, вам придется использовать cfcookie, поскольку выполнение сценариев javascript может оказаться невозможным, учитывая ситуацию.
Честно говоря, даже в ситуациях, когда вы можете сделать это, это не имеет значения. Оба делают одно и то же, поэтому используйте то, что наиболее разумно или делает код наиболее читабельным в данной ситуации.