Да, вам, вероятно, просто нужно привязать эффекты затухания к методу scroll()
.
Может быть, что-то вроде:
$(window).scroll(function () {
$(".header, .footer").fadeOut("slow").fadeIn("slow");
});
Документация: http://api.jquery.com/scroll/
UPDATE
Вот простой пример, но вам нужно исправить множественные вызовы методов fadein / fadeout, возможно, с анимацией и переменной, чтобы проверить, анимируется ли она уже.
http://jsfiddle.net/VdxHe/