менеджер пользовательских сценариев
ScriptManager.RegisterStartupScript(this, typeof(string), "SHOW_ALERT", "alert('')", true);
, где вместо оповещения вы можете поместить свой код JavaScript, следующий аргумент true автоматически вставляет теги сценария, поэтому вам не нужно их писать.