Да, вы можете заставить его работать с xjc. Проблема, с которой вы столкнулись, является первым из двух препятствий, с которыми я столкнулся при решении этой проблемы.
Я не совсем ясно об источнике проблемы, но решение - расширение "более простого и лучшего связывания", присутствующее в JAXB RI. Это описано здесь в некоторой степени и в некоторых других старых сообщениях в блоге Kohsuke Kawaguchi, которые я не могу найти прямо сейчас.
У вас должен быть успех, если вы используете флаг -extension
при запуске xjc и файл привязки, аналогичный файлу в мой ответ на другой вопрос (вторая проблема, с которой я столкнулся при попытке скомпилировать XMLSchema .xsd).
Если честно, на самом деле я еще не пытался (не) маршалировать какой-либо XML, который импортирует XML-схему, поэтому, возможно, есть еще проблемы, с которыми я еще не сталкивался.