Все, что будут делать аннотации, - это создать файл layer.xml для вас (я думаю, во время выполнения).
Вы все еще можете создать свой собственный файл layer.xml и изменить порядок панелей инструментов там. Просто убедитесь, что на ваш файл слоя есть ссылка в манифесте.
Во время выполнения все слои будут объединены вместе, включая тот, который вы создали вручную, и тот, который получен из аннотаций