Поскольку компиляторы обертки Open MPI не автоматически -rpath расположения, в котором находится libmpi.so, при компиляции / компоновке myprogram (мы применяем минималистский подход к флагам, которые передаются компиляторам обертки OMPI - если они ' не нужен , мы их туда не кладем).
В частности, когда вы запускаете исполняемый файл в Linux, компоновщик времени выполнения будет искать все библиотеки, необходимые для этого исполняемого файла (запустите «ldd myprogram», и вы увидите список библиотек, которые необходимы для моей программы). Он будет выглядеть во всех системных местоположениях по умолчанию (которые сами по себе настраиваются системными администраторами). Он также просматривает все каталоги, указанные в LD_LIBRARY_PATH - LD_LIBRARY_PATH - это фактически метод для каждого пользователя, расширяющий список каталогов для компоновщика, который ищет для поиска общих библиотек.
Я предполагаю, что libmpi.so не находится ни в одном из системных расположений по умолчанию, и поэтому вам нужно указать его каталог в LD_LIBRARY_PATH.
В качестве альтернативы, вы можете добавить предложение -rpath при связывании myprogram. Например:
mpicc myprogram.c -o myprogram -Wl,-rpath /opt/openmpi/lib
Это добавит местоположение / opt / openmpi / lib в сам бинарный файл myprogram, и компоновщик также будет искать в этом месте файл libmpi.so (и любые другие библиотеки, которые необходимо разрешить). Например:
# Without an rpath clause:
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % mpicc hello.c -o hello
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % ldd hello
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffff7ffe000)
libmpi.so.0 => not found
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x0000003d58c00000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x0000003d59c00000)
libnuma.so.1 => /usr/lib64/libnuma.so.1 (0x00007ffff7ddf000)
libpci.so.3 => /lib64/libpci.so.3 (0x00007ffff7bd2000)
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x0000003d5a000000)
libnsl.so.1 => /lib64/libnsl.so.1 (0x0000003d5c000000)
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x0000003d5a800000)
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000003d59400000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x0000003d59000000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003d58800000)
libresolv.so.2 => /lib64/libresolv.so.2 (0x0000003d5b000000)
Обратите внимание на "not found" в записи libmpi.so.
Вы можете установить LD_LIBRARY_PATH и найти его:
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % setenv LD_LIBRARY_PATH /home/jsquyres/bogus/lib
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % ldd hello
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffff7ffe000)
libmpi.so.0 => /home/jsquyres/bogus/lib/libmpi.so.0 (0x00007ffff7b06000)
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x0000003d58c00000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x0000003d59c00000)
libnuma.so.1 => /usr/lib64/libnuma.so.1 (0x00007ffff78e8000)
libpci.so.3 => /lib64/libpci.so.3 (0x00007ffff76db000)
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x0000003d5a000000)
libnsl.so.1 => /lib64/libnsl.so.1 (0x0000003d5c000000)
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x0000003d5a800000)
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000003d59400000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x0000003d59000000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003d58800000)
libresolv.so.2 => /lib64/libresolv.so.2 (0x0000003d5b000000)
Или вы можете использовать предложение -rpath (и тогда настройка в LD_LIBRARY_PATH становится неактуальной):
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % mpicc hello.c -o hello -Wl,-rpath /home/jsquyres/bogus/lib
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % ldd hello
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffff7ffe000)
libmpi.so.0 => /home/jsquyres/bogus/lib/libmpi.so.0 (0x00007ffff7b06000)
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x0000003d58c00000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x0000003d59c00000)
libnuma.so.1 => /usr/lib64/libnuma.so.1 (0x00007ffff78e8000)
libpci.so.3 => /lib64/libpci.so.3 (0x00007ffff76db000)
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x0000003d5a000000)
libnsl.so.1 => /lib64/libnsl.so.1 (0x0000003d5c000000)
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x0000003d5a800000)
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000003d59400000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x0000003d59000000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003d58800000)
libresolv.so.2 => /lib64/libresolv.so.2 (0x0000003d5b000000)