Ну, на самом деле, для JGit есть ограничение ~ 5 МБ.
Конечно, я должен спросить, почему кто-то так поступил ?! Тем более, что каждый последующий клон должен будет включать эти данные. Я бы сказал, что если вы выходите за рамки нескольких килобайт, то вам действительно стоит задаться вопросом о своих мотивах.