Нет общего совета, боюсь.
Не могли бы вы хотя бы приблизительно профилировать свое приложение, чтобы определить определенные узкие места - будь то обновления БД или манипулирование объектами? Или даже какой-то другой, неясный вопрос?
Если ваша файловая система дешевая (не SAS), и существует много дисковых операций ввода-вывода, она может легко съесть ваш процессор. Вы должны оптимизировать запись на диск, но, боюсь, опять нет единого пути. Попробуйте уменьшить количество индексов. Кэшируйте свою базу данных в памяти, когда это применимо.