Попытка d <- unlist(lapply(time,function(i)seq.int(0,i-1)))
В отношении sidenote одна вещь, которая замедляет все это, это то, что вы выращиваете вектор в цикле.
> time<-sample(seq(1000,10000,by=1000),1000,replace=T)
> system.time({
+ d<-NULL
+ for ( i in seq(length(time)))
+ d<-c(d,seq(0,(time[i]-1)))
+ }
+ )
user system elapsed
9.80 0.00 9.82
> system.time(d <- unlist(lapply(time,function(i)seq.int(0,i-1))))
user system elapsed
0.00 0.00 0.01
> system.time(unlist(mapply(seq, 0, time-1)))
user system elapsed
0.11 0.00 0.11
> system.time(sequence(time) - 1)
user system elapsed
0.15 0.00 0.16
Редактировать: добавлено время для других решений