Обычно в IntelliJ вы просто настраиваете два модуля с зависимостью для решения подобных задач. В этом случае сделайте модуль консоли зависимым от модуля Spring (в структуре проекта).
Если вы хотите, чтобы они были более свободно связаны, вы можете создать два проекта IntelliJ и создать jar с классами Spring, а затем использовать этот jar в консольном проекте.
Второй вопрос (о режиме отладки): да, вы можете установить режим отладки, см. Javac -help
C:\jdk>javac -help
Usage: javac <options> <source files>
where possible options include:
-g Generate all debugging info
-g:none Generate no debugging info
-g:{lines,vars,source} Generate only some debugging info
...
Если вы зададите этот вопрос, вы, вероятно, должны иметь отладочную информацию, которая, по-моему, является стандартной в IntelliJ, проверьте в настройках компилятора Java Generate debugging info
. Подробнее о том, что это значит, см. Есть ли разница в производительности между включенной и выключенной отладкой Javac?