Вы на самом деле не смотрите в корень приложения Zope2. Скорее, вы смотрите на корень виртуального хоста (который, скорее всего, проксируется Apache или NGINX каким-то другим веб-сервером). Попробуйте получить доступ к сайту через любой порт, на котором работает Zope2, например, 8080
Также в более новых Plones есть панель управления Обслуживанием в Установке сайта, куда вы можете упаковать (для этого требуется, чтобы у вас была роль Менеджера в корне приложения Zope2).